При осуществлении таможенной деятельности в условиях неопределенности и риска и, связанных с этим потерь, материальных, финансовых и других ресурсов, возникает необходимость в управлении рисками, в типизации уровней риска с учетом возможных последствий их проявления.

Система управления рисками представляет собой деятельность таможенных органов, заключающаяся в анализе объектов таможенного контроля, оценке риска возможного нарушения таможенного законодательства, выработке мер минимизации потенциального риска, формализации в профилях риска порядка реализации мер по минимизации риска, применению профилей риска, контролю эффективности применения профилей риска, дифференцированному воздействию на риски посредством применения субъектно-ориентированного подхода к участникам внешнеэкономической деятельности. Несмотря на то, что использование СУР приводит к повышению результативности таможенной деятельности, однако практическое применение системы управления таможенными рисками вскрывает ряд недостатков и проблем, требующих принятия неотлагательных мер по совершенствованию исследуемой системы. Спектр проблемных вопросов применения СУР в сфере таможенного дела: направленность СУР на выполнение установленного плана перечисления таможенных платежей в федеральный бюджет, т.е. преобладание фискальной направленности СУР; наличие значительного количества фактов неэффективного выявления программным средством обязательных к применению профилей рисков автоматизированного типа; наличие рисков, которые не подлежат качественному описанию и выявляются неформализованным способом;  недостаточная степень автоматизации процессов идентификации рисков, касающихся запретов и ограничений на перемещение товаров через таможенную границу; отсутствие единой СУР для санитарно-карантинного, карантинного фитосанитарного, ветеринарного видов государственного контроля в пунктах пропуска;  снижение результативности таможенного контроля из-за длительности и сложности согласования процесса формирования профилей риска; недостаточная степень информационного межведомственного взаимодействия между ФТС России и ФНС России, что позволяет недобросовестным субъектам ВЭД предоставлять разные сведения о товарах и сделках с ними для исчисления таможенных платежей и внутренних налогов; наличие зависимости между результатами таможенного контроля и совокупностью факторов: условия труда, климатические условия, уровень профессиональной подготовки, распределение нагрузки среди должностных лиц подразделения, психофизиологическое и психоэмоциональное состояние должностных лиц таможенных органов, наличие мотивации и другие.

Эксперт Среднерусского института управления — филиала РАНХиГС, к.т.н., доцент Людмила Пашкевич считает, что в процессе применения системы управления рисками таможенными органами Российской Федерации, проявляются проблемы организационного, нормативно-правового, технологического характера. Решение указанных проблем должно быть главным трендом деятельности таможенных органов, что позволит повысить качество применения системы управления рисками и эффективность деятельности таможенной службы России, что, в свою очередь, окажет благоприятное воздействие на экономику нашей страны в целом.