С 1 марта 2026 года регистрация животных в ФГИС ВетИС стала обязательным условием для получения любых субсидий по государственным программам АПК. Для личных подсобных хозяйств, где поголовье крупного рогатого скота составляет 37,2 процента от общего, это операционная нагрузка. По оценкам, до 60 процентов хозяйств с поголовьем до 10 голов не имеют инфраструктуры для ведения цифрового учёта.

ФГИС ВетИС требует электронной подписи, оформление которой стоит от 3 000 до 15 000 рублей и требует визита в удостоверяющий центр. Требует подключения к интернету, которое в 40 процентах сельских населённых пунктов Южного и Северо-Кавказского федеральных округов ниже 30 процентов. Требует цифровой грамотности. Средний возраст фермера в личных подсобных хозяйствах 62 года. Опросы в Ростовской и Воронежской областях показывают, что 68 процентов личных подсобных хозяйств не могут самостоятельно заполнить форму регистрации в ФГИС.

С 1 декабря 2025 года овцы и козы подлежат маркировке в системе Хорриот. На практике в учёт попадает лишь около 25 процентов поголовья. В Дагестане и Калмыкии, где сосредоточено более 6 млн голов мелкого рогатого скота, маркировка это физическая операция: чипирование или биркование каждого животного. При поголовье 5-10 тыс. голов на хозяйство это требует 2-3 рабочих дня на одну ферму. При рентабельности мясного крупного рогатого скота 2,5 процента фермер считает, что 5-15 рублей за килограмм не окупают затраты на маркировку около 80-120 рублей на голову. Государство компенсирует 70 процентов затрат на выращивание племенного скота, но для получения этой компенсации фермер должен пройти через цифровую инфраструктуру, которую государство же не обеспечило. Данные приведены по состоянию на октябрь 2026 года.